Die Höhle liegt im Karsttal bei Křtiny und gehört zu den jüngsten zugänglichen unterirdischen Gebieten in der Tschechischen Republik. Ein Labyrinth der dunklen Gängen und Domen kannten die Leute aus der Umgebung schon im 17. Jahrhundert. Später gab es hier den Gewinn des phosphatischen Lehms, bei dem viele Skelette von Höhlenbären und Löwen gefunden wurden.
Während des zweiten Weltkriegs wurde die Výpustek Höhle in eine unterirdische Fabrik umgebaut, wo Flugzeugmotoren für die deutsche Armee gebaut wurden. Die Deutschen haben die meisten Steinsäulen abgeschossen, die Wege zu den unterirdischen Schluchten haben sie eingemaurt, jedoch in den letzten Kriegstagen haben sie die Babrik zerstört. Später hat in der Höhle die tschechoslowakische Armee einen heimlichen Befehlstandort gebaut. Obwohl die Armee die Höhle erst im Jahr 2000 verlassen hat, einige Höhlenteile sind im ursprünglichen Stand geblieben und sie stellen ein Teil der Besichtigung dar.
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